Los burros no pueden portar ni manifestar el gen Appaloosa propio de los caballos. Este patrón de capa —característico por sus manchas, piel moteada y a menudo esclerótica blanca visible— es propio de ciertas líneas de caballos y está asociado al Appaloosa, una raza en la que este rasgo está bien establecido. Debido a las diferencias genéticas entre caballos y burros, este gen no se transmite ni se expresa en los burros.

Sin embargo, sí es posible obtener mulas que presenten el patrón Appaloosa. Para lograrlo, el gen debe proceder siempre del lado del caballo. Es decir, se cruza una yegua que manifieste el gen Appaloosa con un burro. De esta forma, la mula resultante puede heredar ese patrón de capa desde su madre y manifestarlo en mayor o menor grado.

El patrón Appaloosa en los caballos está determinado principalmente por un gen llamado Leopard Complex (LP). Este gen es el responsable de las características típicas asociadas al patrón, como las manchas sobre el pelaje, la piel moteada, las rayas verticales en los cascos y la esclerótica blanca visible alrededor del ojo. El gen LP tiene una herencia dominante incompleta. Esto significa que basta con que el caballo tenga una sola copia del gen para mostrar algunas de las características del patrón. Un caballo con una sola copia (LP/lp) puede presentar distintos niveles de expresión: desde pocas manchas o un patrón muy sutil hasta capas más visibles como mantas o leopardos parciales. La expresión del patrón también depende de otros genes llamados modificadores, que influyen en el tamaño, número y distribución de las manchas, el PATN1.

Sin embargo, En el caso de las mulas, la herencia del patrón Appaloosa no es tan predecible como en los caballos. al tratarse de un híbrido, no se conoce con total certeza cómo se expresará exactamente en la cría. Aunque la yegua porte el gen, la futura mula puede mostrar desde patrones muy visibles —como mantas o manchas extendidas— hasta marcas mucho más sutiles o incluso apenas perceptibles.